Tvrz kouty založil neznámý rytíř.

V písemných zprávách se jako první připomíná Rynart z Kovářova roku 1318. V roce 1324 převzal dědictví Dechod ze Žuželic. Ve čtrnáctém století patřily Kouty vladykům z Němčic a Sedlce. Poté Kouty získal JarohněvVejhák z Křečovic, dvořenín krále Václava IV. V polovině patnáctého století sídlila na Koutech větev rodu Vejháků z Koutů. V roce 1546 hospodařili na Koutech bratři Oldřich a Svatomír. Začátkem šestnáctého století měl Kouty v držení Jáchym Vejháh z Koutů. Za Jarohněva bylo ke tvrzi přistavěno východní křídlo, kterému se říkalo nový dům.

Vejhákové z Koutů byl nepokojný rod, vyvolávali spory, až byl nakonec v jednom takovém sporu roku 1547 Oldřich Vejhák zavražděn Petrem Voračickým. Kouty byly připojeny ke Smilkovu roku 1606, kdy je koupila paní Kunka z Říčan, manželka smilkovského pána Jana z Tálenberka spolu s mlýnem Kužel.